Αν μια νέα έκδοση οποιουδήποτε πακέτου που είναι έχει εγκατασταθεί στον υπολογιστή σας έχει γίνει διαθέσιμη, μπορείτε να κάνετε αναβάθμιση σε αυτή. Μπορεί να είναι μια ενημέρωση ασφαλείας για κάποιο κομμάτι του λειτουργικού συστήματος, μπορεί να είναι μια βελτιστοποίηση σε μια συγκεκριμένη βιβλιοθήκη ή μπορεί ακόμη να είναι και μια νεότερη έκδοση του Firefox. Βασικά, το σύστημά σας είναι κατασκευασμένο από πακέτα και οποιοδήποτε κομμάτι του μπορεί να αναβαθμιστεί, αναβαθμίζοντας μερικά απο αυτά τα πακέτα. Υπάρχουν πολλοί τρόποι για να κάνετε κάτι τέτοιο, αλλά μόνον ένας είναι ο προτεινόμενος.
Μπορείτε να χρησιμοποιήσετε τον APT για αναβαθμίσετε όλα τα πακέτα σας με μια απλή εντολή (“apt upgrade”) αλλά συνίσταται να μην κάνετε κάτι τέτοιο. Ο κυρίως λόγος είναι πως δεν κάνει διακρίσεις όταν επιλέγει πακέτα προς αναβάθμιση και υποθέτει ότι τα χρειάζεστε όλα.
Κάποια κομμάτια του συστήματος είναι ασφαλές να τα κάνετε αναβάθμιση ενώ κάποια άλλα όχι. Για παράδειγμα, αναβαθμίζοντας τον πυρήνα (το κομμάτι που είναι υπεύθυνο μεταξύ άλλων για την αναγνώριση του υλικού) μπορεί να χαλάσει την υποστήριξη για τον ήχο ή την ασύρματη κάρτα δικτύου ή ακόμη και κάποιες εφαρμογές (όπως οι VMWare και Virtualbox) οι οποίες συνδέονται στενά με τον πυρήνα.